La estación de Atocha –Largo recorrido- está constituida por tres partes diferentes. La gran nave donde se detienen los trenes, la prolongación de esta gran nave en otra más baja con marquesinas inferiores y la conexión de la gran nave con la estación antigua.
Toda la zona correspondiente a la conexión con la zona antigua, donde se desarrolla el intercambio de viajeros con la estación de cercanías, está formada por losas de hormigón armado fungiforme de 0,60 cm de espesor, un gran capitel de 10 m de radio y 1,00 m de canto.